生信小课堂—应用Cytoscape插件找寻子网络hub基因

Cytoscape的插件很多，选择哪个好呢？今天主要介绍一下寻找子网络hub基因的两个主要插件cytoHubba和MCODE，帮助你快速掌握用法，可以点击收藏，方便后面随时查看。插件一：cytoHubba 该插件用于进行网络拓扑分析和节点中心性...

Cytoscape网络可视化|以WGCNA结果的网络可视化为例

Cytoscape 核心版提供了一套基本的数据整合、分析和可视化功能。额外的功能可作为应用程序（以前称为插件）。应用程序可用于网络和分子分析，新的布局，额外的文件格式支持，脚本，以及与数据库的连接。任何人都可以使用基于 ...

Cytoscape使用方法及插件MCODE和Centiscape的使用

Cytoscape是蛋白相互作用的可视化软件，这篇文章主要简单介绍下文件的导入，及它的两个重要插件MCODE和Centiscape的使用。MCODE是一种聚类算法，把现有的蛋白或基因再分类；Centiscape是计算现有网络各个node的degree和stress...

【菜鸟博士学习】STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)

STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)之前小编为大家推送了利用DAVID网站进行差异基因的GO和KEGG分析，而基因功能注释后就可以寻找蛋白表达之间的关系了，在生信分析中，常常会使用STRING网站+Cytoscape软件来...

美格基因·美格学苑｜直播主题：云-细菌完成图及个性化分析介绍

本期美格学苑由美格基因倾情打造，课程内容包括《SCI图表速成攻略-美格云工具》、《云-细菌完成图及个性化分析介绍》、《Cytoscape网络图详细攻略》，对以上主题感兴趣的小伙伴，记得多多关注本期的直播课程唷！ 直播预告 云...

探索基因间相互作用和功能，除了string，还有更友好的它

会将网络重新排布，类似于cytoscape中的修改样式。这里默认输入的基因是在最中间。就是把网络竖向排布，输入的基因默认也是单独分开的。则会把网络随机重排，用户可以根据自己的喜好选择相应的网络图。在网络图中点击相应的...

如何通过代谢组学研究基因功能？

为了绘制与可溶性糖生物合成相关的调控网络，作者对大白菜可溶性糖代谢途径进行了分析（图3A），并鉴定了与可溶性糖生物合成相关的结构基因和转录因子，利用Cytoscape软件将结构基因与转录因子进行网络分析（图3B、C）。在差异...

基于表达量挖掘与功能挖掘的蛋白质组数据分析范例文章来喽！

如果你还停滞在蛋白代谢数据挖掘道路中，或者准备开展相关研究，快来加入我们下周的蛋白代谢培训班进一步交流吧~课程中不仅有组学数据分析的理论介绍，还有基于R语言的数据可视化教程，同时还有SIMCA、Cytoscape软件挖掘数据等...

“科研数据处理常用数据库介绍”—第十期研究生“博雅”学术论坛顺利举办_罗明和_朱福云_X-mol

朱福云同学从生物信息分析的思路出发，详细介绍了运用CEO数据库可以搜索适用数据GSE编号、下载数据、差异分析，通过String网站和Cytoscape软件分析PPI网络图，使用DAVID数据库进行KEGG、GO功能富集分析。2021级研究生刘易元...

基于“关键成分-潜在靶点-核心通路”交互网络的酒蒸黄连生物碱-石菖蒲挥发油配伍防治糖尿病认知功能障碍...

为了更好地说明药物靶点与疾病靶点间的相互作用关系及核心作用靶点的挖掘，将共有靶点导入 STRING 数据库（https://string-db.org/ ），获取蛋白互作信息，将数据导入 Cytoscape 3.8.1 软件绘制 PPI 网络图，并对 PPI 网络进行...

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