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类比过来，我们从1000个基因中挑选出200个差异基因，获得基因名（上调、下调），再从string把这些基因的相互作用关系拿出来，利用cytoscape做出网络图，用MCODE插件将其中的关键子网络挑选出来，选择感兴趣的基因做go分析，...

其实，Wiki pathways数据库中的通路图也能以网络图和通路图两种形式导入到Cytoscape中，下面就为大家介绍如何导入。安装插件首先，通过App菜单下的“App Manager”进入Cytoscape的插件管理器。App菜单下的其他选项为之前已经...

Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态...

运用R软件根据Degree筛选排名前30位的靶点为核心靶点，并利用Cytoscape3．7．1软件构建“中药－活性成分－潜在靶点”网络图，根据Degree值大小筛选主要活性成分。5.富集分析将潜在靶点利用R软件中clusterProfiler包和pathview...

基于上述结果，我们通过cytoscape 3.9.0软件构建了在施用XLJDD后表现出差异表达的关键细菌属和关键代谢产物的共表达网络（图10）。涉及6个关键肠道微生物群属和29个关键代谢产物的关键代谢途径包括鞘脂代谢、甘油磷脂代谢、...

使用Cytoscape 插件“ClueGO”用于网络分析。在KEGG通路方面，发现mTOR、自噬和泛素介导的蛋白水解信号通路显着丰富（图2C）。在细胞成分(CC)中，发现粘着斑和蛋白激酶复合物显着富集（图2D）。对于生物过程(BP)，显着丰富的...

作者通过starbase、hTFtarget和miDIP 预测两个关键基因相对应的转录因子、miRNA和lncRNA，并使用Cytoscape进行可视化。这三个数据库在挑圈联靠中均介绍过使用方法，感兴趣的小伙伴可直接在公众号内搜索数据库名称来学习~ 对...

通过CytoscApe软件为RNA加工基因和ASEs构建了一个包含549个两两相关的网络，结果显示大多数RNA加工基因与超过1个ASE相关，而且扮演相反的角色在调节不同的ASEs(图8D)。图8 8、基于RNA加工相关预后模型的药物反应特征 TIDE算法...

按摩颈部也会被按出“肿块”，并且尺寸竟达到了一颗苹果的大小，到底是怎么一回事儿？...静脉瘤病史时间较长，局部有血栓性静脉炎表现，内部组织粘黏情况较重，如何精准剥离黏连组织，切除肿块的同时重建颈部静脉是手术的关键，...

从此，你再也不用抽时间学习cytoscape软件、不用抽时间学习编程敲代码，都可以轻松画出你想要的酷炫的基因调控网络图。基因表达有三种调控方式，除了看家基因的那种组成型表达，还有诱导（induction）表达（如转录因子对靶基因...